Hola:

Si quieres que el JCheckBox se vea de forma permanente en el JTable, debes cambiar el TableCellRender. Si además quieres que se pueda usar, tienes que cambiar también el TableCellEditor.

En los enlaces tienes ejemplos.

De todas formas, si en tu modelo de datos (TableModel) devuelves que la clase de la columna es un Boolean.class, el JTable automáticamente te pondrá un JCheckBox.

Se buena.