Hola!!

mira, pues en esto del mundo de j2ee tengo poca experiencia, pero si te puedo decir que ya me hecho algunos jsp muy basicos y elementales, para ello, vengo usando netbeans desde 6.0 junto con un servidor de aplicaciones llamado glassfish v2, este servidor los puedes encontrar en la seccion de plug-ins de netbeans, te lo recomiendo, es muy sencillo de usar.

Tambien, si prefieres puedes bajarte desde la pagina de netbeans la version de Enterprise Edition de netbeans que ya viene con los packs necesarios para que te adentres en el mundo de j2ee, incluso ahi viene tanto el glassfish como el apache server.

Durante la instalacion de éste te va configurando netbeans y los servidores, desde netbeans puedes controlar los servidor y tus apliaciones web.

saludos