Hola:

En principio en eclipse añades las librerías que necesitas en cada proyecto. Dale a propiedades de proyecto -> java build path -> libraries -> add external jar y ahí eliges el jar donde esté.

Para librerías habituales, en vez de "add external jar" puedes usar alguno de los botones de añadir librerías que hay al lado. De hecho, para añadir JUnit, basta con que en "new" hagas un nuevo "junit test case" y automáticamente la añadirá.

En general no suele ser buena idea, salvo casos muy especiales, poner un jar para que lo vean siempre todos los proyectos, lo usen o no.

Se bueno.